Après des invasions successives, la Corse est défendue contre les Maures par les rois francs et leurs vassaux de Toscane. Les féodaux de l’île prennent parti dans l’affrontement entre les républiques de Gênes et de Pise. Après la domination pisane, qui laisse le souvenir d’une ère de paix et de développement artistique et culturel, Gênes s’impose. Le XIVe siècle est une époque de bouillonnement, avec l’hérésie des Giovannali, puis une révolution anti-féodale en 1358, sous la direction de Sambucucciud’Alandu.

Menacée d’un retour des seigneurs, la Commune de Corse " se donne " par contrat à Gênes, alors très grande puissance méditerranéenne. L’île est divisée pour longtemps entre un Sud féodal et un Nord plus démocratique. Gênes met des siècles à s’imposer face aux seigneurs cinarchesi qui rêvent de créer un État corse avec des appuis extérieurs. Ce n’est qu’au début du XVIe qu’elle en vient à bout, après des destructions qui ont vidé une partie du pays.

Dans cette période, Gênes, qui contrôle Bonifacio depuis 1195, construit les villesactuelles, peuplées d’abord de ses seuls colons, et se fixe un programme de mise en valeur. Si une certaine prospérité semble présente, les rêves de libération qui persistent donnent un sens patriotique corse à l’occupation française en 1553, avec l’aide du condottiere Sampieru Corsu.Quand Gênes récupère l’île, Sampieru reprend la lutte, jusqu’à sa mort glorieuse qui en fait un symbole.